يعتمد تشخيص الفصام في المقام الأول على التاريخ الطبي، ثم الفحص البدني واستبعاد الأسباب الأخرى التي تسبب أعراضًا مشابهًة لمرض الفصام مثل تعاطي المخدرات على سبيل المثال

وبشكل عام قد يوصي الطبيب المعالج بإجراء بعض الفحوصات مثل 

1- فحوصات الدم

2- اختبارات الدم

3- التصوير المقطعي المحوسب للدماغ أو التصوير بالرنين المغناطيسي، وذلك لاستبعاد وجود آفات في المخ 
بعد هذه الفحوصات يجري الطبيب تقييمًا نفسيًا للمريض وبالطبع الأعراض التي يُعاني منها بالاستعانة بالمعايير الواردة في الدليل التشخيصي والإحصائي للاضطرابات النفسية، والتي تشمل ظهور اثنين أو أكثر من الأعراض السابق ذكرها مدة شهر على الأقل

علاوة على ذلك، يصاحب هذه الأعراض انخفاض الأداء الوظيفي أو التعليمي، أو ضعف القدرة على الرعاية الذاتية، أو قلة التفاعل مع الآخرين، وتجدر الإشارة إلى أنه حتى يتم تشخيص مرض الفصام يجب أن تستمر مدة 6 أشهر أو أكثر، شريطة أن لا تكون ناجمة عن استخدام دواء أو بسبب الإصابة بمرض آخر